La partie Sud du parc est un grand plateau à 800 mètres d’altitude. Un peu plus élevée – 1000 à 1200 m -, la partie Est est ponctuée de vastes prairies et de canyons abyssaux. Son extrémité présente un escarpement rocheux très caractéristique de la région et un village forestier se trouve le long de la rivière Menamaty. Le côté Ouest possède des canyons moins profonds et un vestige forestier. Enfin, le centre du parc voit se succéder d'immenses plaines et plateaux.
En plus de ses canyons et ses roches lunaires, Isalo a également ses grottes, ses cascades, ses piscines naturelles ainsi qu'une flore riche de plus de 400 espèces, dont un palmier endémique ayant trouvé son propre système d’adaptation pour lutter contre la sècheresse. La faune est aussi très variée.